Na rozdiel od hybridných aplikácií založených na HTML5 majú natívne mobilné aplikácie viacero výhod. Medzi výhody natívnych aplikácií patrí to, že dokážu plne využívať podporu zariadenia, t.j. plný prístup ku GPS lokácii, kamere na zariadení, mikrofónu, kontaktom atď. Vďaka týmto vlastnostiam je možné takúto aplikáciu použiť na akýkoľvek účel. Ďalšou výhodou je, že natívne aplikácie pracujú na väčšine zariadeniach rýchlejšie a stabilnejšie v porovnaní s hybridnými aplikáciami.
Rozsiahlejšie a náročnejšie projekty preto odporúčame robiť natívne. Nevýhodou natívnych aplikácií je to, že musia byť vytvorené na všetky platformy, na ktorých budú využívané. To znamená, že ak chcete aby vaša aplikácia fungovala pre užívateľov iPhone aj Android, musia sa naprogramovať dve aplikácie, jedna pre iOS (iPhone) a druhá pre zariadenia pracujúce na systéme Android.
Po vývoji je aplikáciu možné umiestniť do oficiálnych predajní Apple store, alebo Google play.